斐文南·麦哲伦出生在葡萄牙北部俄伯尔多一个贫穷的骑士家庭，大约10岁左右他被父亲送进王宫服役。1492年，正当哥伦布远航美洲发现新大陆之年，麦哲伦被选为王后侍童，随国王、王后周游全国各地。
麦哲伦出生、成长的时代正是人类历史大变革时期。1486年，葡萄牙迪亚士已到达非洲南端好望角，1492年，哥伦布发现了美洲。于是探险队一个接一个应运而生，数百艘航船接二连三地驶出西班牙的加的斯、帕洛斯和葡萄牙的里斯本。
无名土地的发现超过了人类有史以来几十万年期间发现的地域，地理学发生翻天覆地的变化，世界地图随新资料接踵而至则日新月异。这正是探险家、航海家辈出的时代。参加远洋探险，对年轻的麦哲伦有极大的吸引力。
约1496年，麦哲伦被编入国家航海事务厅。这个机关正在为达·伽马的远航探险进行秘密准备工作。麦哲伦来到这里开始学习积累航海方面各项知识和经验，并熟悉新大陆、非洲、亚洲的航海图与丰富的航海资料，麦哲伦为加入探险活动而跃跃欲试。
1505年3月25日，一支野心勃勃的武装舰队，肩负着为使小小的葡萄牙变成为世界最大帝国，彻底征服东方的狂妄使命而驶离里斯本港口，由被授予印度总督头衔阿尔麦达率领，它拥有20艘大小帆船，2000多成员。
麦哲伦在其中仅为一名普通水手，这是他毕生探险事业的开端。麦哲伦作为普通水手，什么活都干，在暴风雨中收帆、排水，在烈日下修工事、搬货物，参加海战、陆战、攻城、修商站等。他接触各种人物，了解所经过的地域、海洋和有关的天文知识。
1506年，在印度的科那诺尔战役中，麦哲伦受伤，不久被转移到非洲，约1507年回到里斯本。那遥远的异乡风情、探险生涯令他神驰心往，他渴望下一次远航。
1509年，麦哲伦再次加入一支企图夺取马六甲的舰队，在马六甲遭到苏丹的突然袭击，因一位船长机警，麦哲伦的英勇果敢，舰队未全军覆没，仅丧失全部小艇与三分之一的船员。1510年，麦哲伦参加围攻印度果阿的战争，已升为船长。
1511年，麦哲伦参加第二次对马六甲的远征，经过6周激战，葡萄牙占领马六甲，进而控制整个东方贸易。1512年，麦哲伦回到里斯本，已是一位很有经验的海员。1513年，他作为一名下级军官随军攻打摩洛哥要塞阿泽莫尔的陆战，因受伤成终身跛脚。
1514年，回国后的麦哲伦两次上奏国王要求晋级和增加年金，均遭到国王冷漠地拒绝了。国王冷冷地对麦哲伦说：“葡萄牙宫廷根本不需要你效力。”如果他离开宫廷和葡萄牙，谁也不会介意。
在麦哲伦像叫花子一样被赶出宫廷后不久，结识一位宇宙学者法利罗，这人是个地道的理论家，他未上过舰船，也不会升帆，但他制作的海图、星盘和许多航海工具堪称一流，对麦哲伦帮助不小。
这期间，麦哲伦根据已故葡萄牙皇家制图家贝格依姆绘制地图，深信美洲南部有一条海峡联系大西洋与太平洋。麦哲伦与法利罗正制定从西部航行至东方“香料群岛”的航海计划。
1517年10月20日，麦哲伦破釜沉舟离开了葡萄牙抵达西班牙的塞尔维亚，拜访要塞司令巴尔波查也是葡萄牙人，受到巴尔波查全家热情接待。由于有这样的靠山，麦哲伦又与印度院主管阿朗大私下达成协议，法利罗也来到塞维利亚。
1518年3月22日，西班牙国王查理一世与麦哲伦、法利罗签署协定：两人享有未勘察过海洋开拓土地专有特权；可得到他们新发现土地全部收入的二十分之一；如发现六座以上岛屿，他们有权占有其中两座；他们两人及其子辈和继承人享有这些土地和岛屿总督的封号。
国王答应装备5艘议定吨位的船只，两年内保证充分供应船上所需的全体船员、粮食和火炮。
经过一年多的筹备及排除葡萄牙的外交干扰，在1519年9月20日麦哲伦率领5艘装备充足的帆船、265名成员，告别了妻儿从圣路卡尔港扬帆出海。10月3日船队离开加那利群岛特内里费。
在启航前，麦哲伦的岳父派一艘轻快帆船送一封密函给他：舰队中几位西班牙船长秘密策划途中反对麦哲伦，阴谋头子是舰队中最大的“圣安东尼奥”号船长卡尔塔海纳。这是麦哲伦一生中收到的最后一封信，给艰辛的航程上又加上一点阴影。
舰队12月13日抵达巴西的里约热内卢。在航行途中，卡尔塔海纳借航线问题与麦哲伦争吵，又明显表示不承认麦哲伦领导权，麦哲伦找借口请四位船长上旗舰“特里尼达”号上来，突然抓住卡尔塔海纳，撤去他船长职务，并将他交给另一位船长缅多萨看管起来。
巴西的富饶和美丽的风光以及土著居民的和平使船员恋恋不舍。舰队于12月26日离开里约热内卢继续向南航行，至1月10日抵达拉普拉塔河口，这就是贝格依姆地图上海峡所在地，结果显然是个错误，花了整整两周时间仅发现它是一条大河。
船队继续向南航行，麦哲伦沿途调查每一个海湾，2月24日，船队抵马提阿斯湾，麦哲伦的一线希望又扑灭了。3月31日船队抵达圣胡利安湾，麦哲伦决定停泊过冬。
这里满目荒凉、寒风刺骨、海峡渺无踪影，麦哲伦还下令缩减口粮，于是阴谋在船员们满腹牢骚中形成。当时“圣安东尼奥”号船长是麦哲伦表弟麦斯基塔。
西班牙船长凯萨达和卡尔塔海纳在4月1日深夜带30名武装人员悄悄登上“圣安东尼奥”号，抓住麦斯基塔，以铁链锁住全部葡萄牙人。这样西班牙船长控制3艘船。
面对严峻形势的麦哲伦采取周密计划果敢行动先夺取“维多利亚”号，然后迅速粉碎了叛乱，并审判处决凯萨达船长，而把卡尔塔海纳与一名煽动不满情绪的神甫留在荒无人烟的圣胡利安湾海岸让他们自生自灭。
8月24日，船队启航南行。1520年10月2日，麦哲伦的舰队终于发现了他要找的海峡，11月8日“圣安东尼奥”号船叛逃回国，11月28日船队通过海峡进入南海，因海面风平浪静，故船员叫它太平洋。
面对这个陌生的、一望无际的大海，一向沉默刚强的麦哲伦也不禁热泪夺眶而出。船队进入太平洋后，整整3个月在烈日当空、茫茫无垠的大洋中航行，粮食一天天减少而且发霉，淡水发臭，船员们得坏血病至少死去19人。
终于在1521年3月6日船队抵达关岛，3月17日在菲律宾群岛萨马岛靠岸。3月28日麦哲伦在马索华岛抛锚，岛上土王卡兰布与他友好交往。
在卡兰布建议下，船队于4月7日驶抵宿务岛，与岛上土王胡马波纳订盟，麦哲伦一边与岛上居民贸易，一边让胡马波纳家族及其他岛上土王受洗加入基督教。
但马坦岛土王西拉布拉布早已对宿务岛统治者不服，麦哲伦为显示自己的威力，竟亲自带了60名水手企图镇压西拉布拉布，他又狂妄自大不要宿务岛土王的支援。
1521年4月27日夜，麦哲伦仅带60名全副武装的西班牙士兵对1500名岛民以长矛、梭镖、石头、泥块等为武器的战争，结果麦哲伦被一支毒箭射中大腿，梭镖、石头纷纷向他投来，船上大炮无济于事，小船又不能靠近。岛民蜂拥而上把麦哲伦杀死在地上。
麦哲伦死后，西班牙人与当地酋长及居民关系紧张起来，又被杀死许多人。人数只剩下150人，于是“康塞普逊”号被牺牲毁掉。两条船驶抵马鲁寸群岛。
“特里尼达”号不能继续航行，最后由埃里卡诺率“维多利亚”号于1522年2月13日离开帝汶岛回国。经5个多月抵佛得角群岛，发现“葡萄号”想强占“维多利亚”号，埃里卡诺只好立刻起锚开船，船上只有18人，终于在1522年9月6日船驶回圣路卡尔港，完成了历史上第一次伟大的环球航行。
麦哲伦将航海事业推向高峰，环球航行的完成证明了地圆说，
第一次横越太平洋为以后地理学、海洋学发展有重要贡献。大大促进世界文化的交流，促进西欧资本主义的发展。作为航海家他的贡献是划时代的，但作为殖民主义者他使菲律宾较长时期受西班牙奴役，他本人也为此目的葬送性命。
