大卫年间，发生了两次大灾变，一次是饥荒，一次是瘟疫。饥荒一连持续了三年，大卫求问耶和华，耶和华说：“这饥荒乃是因为扫罗当年杀死了基甸人，报应到以色列人头上的。”原来这基甸人不是属于以色列，乃是亚摩利人所剩余的。以色列人曾向他们发誓，不杀灭他们，扫罗却为以色列人大发热心，将他们杀死了很多。大卫召见基甸人，问他们说：“我当为你们做什么，才可赎这罪，使你们为耶和华的产业祝福呢？”基甸人回答说：“那从前谋害我们，要灭我们的人，现在愿你将他的子孙七人交给我们。”大卫说：“我必交给你们。”
大卫因为曾与约拿单起誓结盟，就爱惜约拿单的儿子米非波设，没有把他交出来。他把爱雅的女儿利斯巴给扫罗所生的两个儿子，以及扫罗女儿米拉所生的五个儿子，交给了基甸人。基甸人就把他们悬挂在山上，他们被杀死的时候正是动手割大麦的日子。爱雅的女儿利斯巴用麻布在磐石上搭了一个棚，从动手割麦的时候，直到天降雨在尸身上的时候，她就一直在看护着尸身，日间不容空中的鸟雀落在尸身上，夜间不让田野的走兽前来糟践。
有人将此事告诉大卫，大卫就去基列雅比，将扫罗和他儿子约拿单的骸骨搬了来。当年非利士人在基利波杀扫罗及其众子，将尸身悬挂于伯珊的城墙上，是基列雅比人把尸身偷回来埋葬。大卫将扫罗和约拿单的骸骨从那里搬来，又收敛了被悬挂的七人的骸骨，都葬在便雅悯的洗拉扫罗父亲的坟墓里。
另一次灾变则来自耶和华的愤怒。原来以色列在大卫的统治下开始繁荣起来，人口也增多了。以色列人却不知敬畏耶和华，耶和华向以色列人发怒，就激发大卫，使他吩咐人去核查以色列和犹太的人口。清点的结果是，以色列有八十万，犹太有五十万人。
耶和华派遣先知迦得去见大卫说：“耶和华如是说：我有三样灾，随你选择哪一样，你愿意国中有七年的饥荒吗？还是愿意被你的敌人追赶三个月？还是在你的国中有三日的瘟疫？”大卫对迦得说：“我甚为难。我愿落在耶和华的手里，因为他有丰盛的怜悯，我不愿落在别人的手里。”
于是耶和华降瘟疫给以色列人，自早晨到所定的时候，从但直到别是巴，民间死了七万人。天使向耶路撒冷伸手要灭城的时候，耶和华后悔了，就命天使说：“够了，住手吧!”那时耶和华的使者在耶布斯人亚劳拿的禾场里。大卫看见灾民的天使，就祷告耶和华说：“我犯了罪，行了恶，但这群羊做了什么呢？愿你的手攻击我和我父亲家。”
当日迦得来见大卫，要他到耶布斯人亚劳拿的禾场上，为耶和华筑一座坛。大卫到了那里，亚劳拿连忙迎上前来。大卫说明了来意，亚劳拿说：“我主我王，这里有牛可做燔祭，你爱用什么，都拿去献祭。”大卫说：“不然，我要按着价值向你买，我不肯用白得之物做燔祭，献给耶和华我的上帝。”大卫用五十舍客勒银子，买了那禾场与牛，在那里为耶和华筑了一座坛，献上燔祭和平安祭。如此，耶和华听国民所求的，瘟疫在以色列就中止了。
