孔尚任是孔子的六十四代孙，他年轻时就喜欢搜集南朝时的故事。他的族兄孔才训和舅翁秦光仪曾在南京做官，对南朝朝廷的内幕比较熟悉，他就登门拜望，并请求他们讲讲南朝的趣闻轶事。
在交谈中，秦光仪给他讲了“李香君血溅桃花扇”的故事。大意是：秦淮名妓李香君，与复社文人侯方域相好。定情之后，侯外出。奸臣阮大铖为了报复复社文人，就怂恿马士英派人抢娶李香君送给田仰。香君不从，倒头撞地，血溅定情纸扇。有人见扇上几点血痕，红艳非常，就用笔点染成几枝桃花，遂名“桃花扇”。
孔尚任听了，很受感动，又详细询问了李香君与侯方域的爱情遭遇，以及南朝小朝廷的趣闻轶事，才告辞回家。他对李香君的故事久久不能忘怀，决定开始创作《桃花扇》的剧本。
后来，孔尚任被派往江苏沿海一带担任治水的小官。在治水过程中，他又深入了解了扬州，南京这两座名城的历史，游历了这两个城市附近的许多城池和古迹，看过秦淮河上李香君“眠花”的旧院。
同时，孔尚任还结识了许多不与清朝统治者合作的人，他们有的是南朝灭亡的目击者，有的是支持南明政治活动的人，有的是侯方域的好友。这让他对南朝的兴亡有了深刻的了解。
孔尚任从他们口中，访问到许多可靠的史料，成为他后来写《桃花扇》的第一手资料。此外，由于他亲眼看见了南京和扬州的景物，所以在《桃花扇》里，他描写的景物也就十分逼真，富有吸引力，使读者如身临其境。
治水三年后，孔尚任重新回到北京，这时他对官场生活已深感厌恶，虽还继续担任官职，但大部分时间却用来埋头创作。常常到三更半夜，他还在一字一句地反复推敲。
孔尚任在写《桃花扇》的时候，桌上总是摆一把鲁缟制的扇子，素洁的扇面上画着几枝粉红色的桃花。他时而沉思默想，时而起立揣摩，总是不时凝望着这扇面上的桃花。似乎剧中的人物李香君、柳敬亭、侯方域等都一个个来到了眼前。
虽然剧中人物繁多，事件纷杂，但看到这把桃花扇，又似乎感到有个中心，孔尚任把这些事件都用桃花扇贯串了起来。
即使是寒冬腊月，窗外西北风呼呼地吹着，漫天的大雪纷纷扬扬地下着，孔尚任趴在书桌上写作，常常不知不觉就进入剧中。写到这把扇子的时候，就情不自禁地拿起它端详一番，扇上一阵。扇的时间一长，感到冷了，这才意识到自己又入迷了。拍拍脑瓜笑笑，又继续埋头写了下去。
当孔尚任写得情绪十分兴奋的时候，就把扇子折起来，连连轻敲着自己的腿。当反复吟诵那剧本中的唱段时，也往往轻轻地有节奏地用扇子敲着桌子。
有一天，孔尚任的同族举人孔尚铉进来看他，见他在大雪飞舞的严冬季节，手里还不停地摇着扇子，便感叹地说：“窗内窗外两个季节，您手里摇着桃花扇，笔下写着《桃花扇》，真是如痴如醉，呕心沥血啊！”
1699年，《桃花扇》正式脱稿。可是，两袖清风的孔尚任没有钱刻印这部稿子，只好抄了几个副本保存着，所以这部名著在相当长的一段时间里没有刻印本流传。
直到1708年，天津著名诗人佟蔗村看到这个稿本，非常喜爱，出了五十两银子，才把《桃花扇》正式刻印出来。
