从1645年初李自成的大顺军退出陕西后，清军基本上就控制了陕西。此后，陕西就进入清王朝的高压统治时期。
一、从“忠贞营”到“夔东十三家”
李自成牺牲以后，大顺军余部仍然坚持斗争。随着形势的变化，他们逐渐走上了联明抗清的道路，成为当时全国抗清斗争的主力之一。而“忠贞营”（后演化为“夔东十三家”）就是其中的杰出代表。
“忠贞营”是由原李过、高一功率领的镇守陕北的大顺军后营演变而来的。
李过（后改名锦，南明唐王又赐名赤心），米脂人，是李自成的侄儿。他很早就随李自成参加了闯王高迎祥领导的起义军，后来协助李自成拉起一支自己的队伍，以作战勇敢着称。李自成的农民政权建立后，李过被任命为制将军，受封亳侯。
高一功（后南明唐王赐名必正）也是米脂人，李自成的妻弟。李自成建立农民政权后，高一功被任命为威武将军，受封临朐男。
因李自成没有儿子，李过和高一功很早就成为李自成的左右手，十分亲信。他们所部被编为后营，是农民军的主力之一。李自成从北京撤回陕西以后，他们奉命率部坚守榆林，抵抗清军，保卫西安。他们多次打退敌人的进攻，致使清军主帅英亲王阿济格因进军迟缓而受处分。他们一直坚持到李自成撤出陕西以后才开始转移。因此可以说，没有他们在陕北牵制住敌人，李自成就不可能顺利地撤离。
大顺政权撤走后，李过和高一功率领的后营成了孤军奋战，情况十分危急。当他们得知李自成已转移到湖广一带的消息，就开始放弃陕北，准备南下寻找大顺军主力。但当时，关中已经被清军攻占，经关中、商洛向南追赶李自成的道路不通。所以，他们就向西绕道南下，一路上吃尽了苦头。然而，当他们千方百计到达湖北西部时，李自成已于1645年五月遇难。李自成的牺牲使大顺军受到非常大的打击。在群龙无首的情况下，起义军四分五裂，一些将领如张鼐等灰心丧气，就归附了清朝。但李过和高一功却不为所动，严词拒绝了清军的招降。
由于明朝的灭亡和清军的入关，国内形势发生了巨大的变化。原来尖锐的阶级矛盾相对缓和，而满汉之间的民族矛盾却上升为社会的主要矛盾。在这种情况下，农民军余部、南明和清朝之间的关系也出现了戏剧性的变化。面对强大的清军，李过、高一功认为单靠大顺军余部是无法抗衡的，只有放弃前嫌，和南明武装联合起来才有出路；而南明小朝廷在危急的局势下也抛弃了对清朝的幻想，逐渐改变了顽固敌视农民军的态度，欲借助农民军的实力来对抗清军，维持自身的生存。在互有所需的情况下，他们逐渐走上了联合抗清的道路。而李自成的牺牲实际上已为他们之间的合作排除了障碍。
经过谈判，李过、高一功与南明唐王政权的湖北巡抚堵胤锡达成了协议，归附唐王，号“忠贞营”，隶属堵胤锡部下。唐王还封李过、高一功为列侯，时在军中的李自成妻高氏为“贞义夫人”。后来，还先后有大顺军将领刘芳亮、刘国昌、田虎等加入忠贞营，使其成为当时抗清的大顺军余部中最大的一支。不过，李过、高一功等虽然接受了南明王朝的赐名和官爵，但在公文中仍称李自成为“先帝”，称其妻高氏为“太后”，朝廷也无可奈何。可见，大顺军余部在归顺南明的同时还保持了相对的独立性。
李过和高一功率领的忠贞营在抗清斗争中作战勇猛，为南明王朝立下赫赫战功。他们先后收复益阳、归州、夷陵等重镇。连南明的永历皇帝也称忠贞营“雄冠诸军”。辅臣瞿式耜更认为“今日朝廷所恃者，忠贞营耳”。然而，大顺军余部和南明王朝的合作并不顺利，因为他们之间在阶级利益上是完全对立的。在南明君臣的心目中，大顺军余部不过是借以利用的工具，迟早要被清除掉。这种心态严重阻碍了他们之间的正常合作。所以，在大敌当前时，他们尚能维持一定程度的合作关系。而一旦来自清军的威胁减轻，他们之间的矛盾和冲突就不断出现。忠贞营在南明统治区处处受到歧视，一些官员对他们百般排挤、刁难，使得忠贞营领袖对南明朝廷越来越失望。再加上李过、田虎相继病死，刘国昌等又分裂出去，忠贞营的实力受到很大削弱，高一功遂于1651年率军离开南明统治区，准备北上川楚陕交界的老根据地一带发展。同年九月，他们在途经湖南西部的保靖县时遭到当地土司武装袭击，高一功战死。忠贞营由李过的义子李来亨率领继续北上。第二年，他们终于到达川楚陕边区。在这里，他们和郝摇旗、刘体纯、袁宗第、贺珍率领的其他大顺军余部会师，再加上当地的一些南明武装，一共有十三家，号称“夔东十三家”，势力一时很壮大。此后，“夔东十三家”逐渐取代了原来“忠贞营”的名号。然而，在夔东十三家中，原忠贞营仍是骨干力量。
夔东十三家在艰苦的情况下坚持抗清斗争10余年，战果累累。他们曾切断长江航运，攻打重庆、襄阳等战略重镇，还曾远征陕南的平利、紫阳等地，给清王朝以沉重的打击，极大地鼓舞了全国人民的抗清热情。清朝统治者将夔东十三家视为眼中钉，誓欲消灭。他们调集大量军队，围攻李来亨部坚守的最后根据地茅麓山。直到1664年，茅麓山才被攻占，李来亨自焚而死，以忠贞营为核心的夔东十三家彻底失败，而内地人民的抗清斗争也随之结束了。
二、张献忠余部的联明抗清
李自成、张献忠牺牲以后，他们的余部先后都走上了联明抗清的道路。不过，由于大顺军余部很快分裂成多股，严重削弱了他们的实力，影响了他们在抗清斗争中作用的发挥。相对而言，在联明抗清中功勋卓着的是张献忠的大西军余部。
张献忠死了以后，余部在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇“四将军”的率领下向南转移。
孙可望等四人都是很早就跟随张献忠起义的骨干，立有军功。后来都被张献忠收为义子，赐姓张。大西政权建立时，他们又同时被封为将军。其中，孙可望为平东将军，李定国为安西将军，刘文秀为抚南将军，艾能奇为定北将军，号称“四将军”。“四将军”中，又以延长人孙可望和延安人李定国最为能征善战，声名显赫。而年龄最长、最有谋略的孙可望更被张献忠指定为继承人。
在转移的过程中，他们摆脱了清军的追击，又打破了南明军队的堵截，于1647年安全到达贵州。不久，他们又利用云南土司之乱控制了整个云南，建立了比较巩固的根据地。孙可望自称平东王，艾能奇死后，他又兼并了其众，在大西军各部中势力更加强大。为了确立自己的威望，他借故杖责李定国，二人之间的关系恶化，埋下了后来分裂的种子。
南明桂王政权一建立，孙可望、李定国等就希望能和桂王政权联合抗清。几年内，他们多次派人去朝廷联络，但双方就是在关于孙可望封爵的问题上谈不拢，合作关系无法确立，严重地影响了抗清大业的开展。一直到清军已经控制两广，桂王政权走投无路，而反对封孙可望为秦王的官员又被孙可望杀掉的时候，他们才答应了大西军的条件。于是，双方联合抗清的局面正式形成。
不久，清定南王孔有德率大军通过广西向贵州发动进攻，孙可望决定兵分两路迎敌，遂命李定国、马进忠等率军东征，攻取桂林，同时命刘文秀亦领一军北伐，进取成都。李定国等的东路军先后攻下湖南西部的沅州、宝庆、武冈、全州等地，孔有德退保桂林。李定国督军猛攻，广西重镇桂林城终于被攻克，孔有德被迫自杀。接着，李定国乘胜出击，很快占据了整个广西。
这时，清大将军敬谨亲王尼堪也率重兵南征，兵进湖南。马进忠、李定国合兵在衡州抵抗，战败退走。尼堪率精骑追击，结果中了李定国军的埋伏，尼堪战死。东路军又取得了一个大胜利。
李定国率军转战广西、湖南、广东，连下数十城，“两蹶名王，天下震动”，给清王朝以沉重的打击。而刘文秀军在四川也不断取得胜利，几乎将清吴三桂军歼灭。西南抗清形势一片大好。可惜，这种大好形势不久就因兄弟反目而葬送了。
孙可望是一个个人野心很大的人。为了达到挟天子以令诸侯的目的，他于1652年将永历帝（即桂王）强行迁徙到属于他地盘的安隆所，改名安龙府，每年只供应很少的银、米，朝廷穷困不堪。同时，他自称国主，自设内阁、六部等官，建立太庙。后来，竟欲逼迫永历帝禅位于他。为了夺取帝位，孙可望将素着威信且不听他号令的李定国视为眼中钉。他借李定国衡州战败之机，要他到沅州议事，准备乘机杀掉他。李定国看出他的阴谋，没有赴会。而永历帝感到李定国可以依靠，就下密诏命他入卫。孙可望得知消息，杀掉了朝廷所有参与此事的大臣，并准备将永历帝迁往贵阳，但李定国和刘文秀却将永历帝迎往云南省会昆明。众叛亲离的孙可望就公开反叛永历帝，率兵攻打李定国，结果大败而回。1658年十月，他去长沙投降了清经略洪承畴，成为可耻的叛徒。孙可望和李定国兄弟之间的分裂，严重地摧残了永历政权的反清力量，给敌人以可乘之机。
1658年，清军兵分三路，从湖南、广西、四川大举进攻贵州。这时刘文秀已死，李定国独自撑起抵御清军的重担。随着时间的推移，形势对他越来越不利。清军很快攻占了贵州，他的妻子也失散了，他只好率军退回云南，将永历帝护送到永昌。1660年春，清军占领昆明，李定国奉永历帝退至腾越。为了阻击清军，李定国在磨盘山设下伏兵，重创清军，但无法扭转局面。永历帝无处可走，被迫退入缅甸境内，李定国也随之入缅。后来，在吴三桂大军压境的情况下，缅甸将永历帝执送清军，后被缢死。李定国听到这个消息，悲愤交加，于1662年六月在猛腊（今云南西双版纳）病死，临终前还叮嘱其子和部将宁死不降。至今，在猛腊还有纪念他的庙宇。
李定国的去世，标志着轰轰烈烈的大西军余部抗清斗争彻底结束。
三、三藩之乱中的王辅臣
三藩之乱是发生在清初康熙年间的一个重大事件，一度蔓延甚广，给清王朝的统一造成很大威胁。而陕西也被波及，提督王辅臣就是其中的主角。
王辅臣，山西大同人，曾参与明末农民起义，勇猛善战，外号马鹞子。后来，他叛投明军。不久，又归附清朝。他曾随洪承畴、吴三桂进军贵州、云南，在灭亡南明永历政权的过程中立下汗马功劳，因功授总兵。1670年，他升任陕西提督，驻固原，成为陕西省掌管绿营的最高武官。
1673年十一月，清平西王吴三桂据云南、贵州发动叛乱。不久，靖南王耿精忠、平南王尚可喜之子尚之信也分别以福建、广东响应叛乱。三藩之乱爆发后，由于叛军蓄谋已久，很快攻占了湖南、四川等省的广大地区，气焰嚣张。在这种情况下，响应叛乱的省区越来越多，使清王朝疲于应付。
1674年二月，朝廷命大学士莫洛经略陕西军事，率西安将军瓦尔喀的八旗骑兵和王辅臣的绿营兵入川平叛。当年秋，清军由汉中进至保宁（今四川阆中）时，饷道为叛军切断，被迫退往广元。此后，清军断饷达两个月之久，军心浮动。再加上以往在作战中，八旗兵总让绿营为前锋，自己则躲在后面督战，早已引起绿营兵的不满，他们纷纷哗变，局势不可收拾。此前，王辅臣早就秘密接受了吴三桂的委任状，蓄谋造反。一看这种情形，他感到时机成熟，遂唆使其直属部队2000余人以索饷为名发动兵变。他们由四川北返陕西，并在宁羌（今陕西宁强）杀死莫洛。王辅臣宣布反叛朝廷，归附吴三桂。
王辅臣举兵反叛时，其所属部队已大部溃散，实力并不强。但一同出征的八旗子弟兵早已因长期养尊处优而腐化堕落，丧失了战斗力。他们面对人数不多的叛军，竟然不敢攻击，无奈只好退回西安，这就给了王辅臣一个脱身的机会。于是，王辅臣带着只有数百人的队伍从容返回其根据地固原。他们在固原、平凉一带集结军队，积蓄力量，并派人联络在各地的部属一起叛乱。吴三桂听到王辅臣反叛的消息，十分高兴，送给王辅臣20万两白银犒军，并派兵入陕南作为应援，准备进一步出陇西与王辅臣会师。
有了吴三桂的支持，王辅臣叛军一时声威大震。于是，甘肃黄河以东地区及陕北都被叛军占领，宁夏驻军则杀掉提督陈福归附王辅臣。同时，陕南兴安的驻军也响应王辅臣之乱，配合吴三桂从四川派来的叛军占领了汉中及陕南各地。这样，广大的西北地区一时大乱，除了关中一隅及河西一带，几乎全部落入叛军手中。
但是，王辅臣本是一个反复无常的军阀，他起兵反叛完全是出于政治投机，因此他并不肯死心塌地地为吴三桂卖命。他起兵后，既不积极进攻关中，也不尽力争取和吴三桂所派王屏藩部会师，而是坐镇平凉，拥兵观望，等待机会。这时，康熙帝为了争取他，以便孤立吴三桂，就派他的儿子从北京来招抚。而王辅臣一面上疏谢罪，另一面仍和吴三桂勾勾搭搭，与清军对峙达一年之久。在这种情况下，康熙帝为了尽快结束陕西战事，控制西北，就采取双管齐下的策略。即一方面继续招抚王辅臣，另一方面，利用王辅臣观望之机调兵遣将，派定西大将军图海和靖逆将军张勇率大军从西安、河西两面夹击王辅臣。
1676年夏，吴三桂派出的叛军在伏羌（今甘肃甘谷）被张勇打败，只好退回汉中。图海则统大军包围了王辅臣据守的平凉，断绝其粮道，并发炮轰击城内。王辅臣支持不住，只好于当年冬率部投降，后在入京时暴卒。这样，历时两年的王辅臣之乱最终被平定。
包括王辅臣叛乱在内的三藩之乱，虽然仍打着“反清复明”的旗号，但它和大顺军、大西军余部的联明抗清斗争有着本质的区别。大顺军、大西军联明抗清的时候，清军刚入关不久，由于清朝推行残酷的“薙发”、“圈地”等政策，自然要激起汉人的激烈反抗。随着李定国、李来亨的相继牺牲，内地人民的大规模抗清斗争已经结束了。而到了三藩之乱发生的康熙年间，清朝已经统一了中国大陆，其统治也逐渐稳定下来。在这个时候，吴三桂、王辅臣等发动叛乱，已经违背了历史发展的趋势，不得人心。他们起兵叛乱的目的只是为了争取满足自己的利益，而所谓“反清复明”只不过是掩人耳目的幌子，所以注定要失败。历时两年之久的王辅臣之乱给陕西人民带来了巨大的灾难，所以他们积极支持朝廷平叛。王辅臣之乱被平定后，在叛军阵营中出现了连锁反应，福建的耿精忠、广东的尚之信、广西的孙延龄在不长的时间里也先后归降，吴三桂完全被孤立，从而造成了非常有利于清朝彻底平灭叛乱的局面。
四、五省白莲教起义军在陕西
白莲教起义是清代前期发生的规模最大的一次农民起义，它给清王朝以异常沉重的打击。清王朝以牺牲高级将领20余人、耗费白银2亿两的巨大代价，最后才将起义镇压下去。但是，它宣告了所谓“康乾盛世”的彻底结束和清朝的全面衰落。而五省白莲教起义活动的中心之一就在陕西南部。
清乾隆后期的陕南，各种社会矛盾十分尖锐、复杂，已经孕育着一场风暴。清朝初年，陕南地区的人民突破了统治者的山禁政策，大量地进入南巴老林，“河南、江西、安徽等处贫民亦多携带家室来此，认地开荒，络绎不绝”。数百万移民或从事伐木、造纸、冶铁等手工业生产，或开垦山地，种田为生。他们对当地的经济开发做出了很大的贡献。然而，到清代中期，由于人口的激增，导致了对山区的无度开发，宝贵的森林等资源很快枯竭，还带来了水土流失等严重的环境问题。于是，一度非常兴旺的陕南工场手工业迅速衰落，很多人失去生计，成为流民。因人口过剩而造成的工钱的降低和地租率的上升，又使得阶级矛盾越来越尖锐。然而，当地官府却不仅不恤民困，反而变本加厉地欺压流民，终于引发了一场轰轰烈烈、蔓延数省的农民大起义。而早已在移民中流传的秘密宗教白莲教就顺理成章地成为他们发动和组织起义的工具。
1794年夏，官府在陕南兴安府破获了当地的白莲教秘密组织，教首萧贵、萧正杰等60余人遇害。为了彻底扫清各地的白莲教势力，官府在临近兴安的四川、湖北、陕西、河南、甘肃等省交界地区，展开了一场大规模的搜捕。一些贪官污吏不是认真地去搜查真正的白莲教徒，而是借机敲诈勒索百姓，“以查拿邪教为名，四处搜求，听任胥吏多方勒索，不论习教不习教，但论给钱不给钱”。谁要是不满足他们的要求，他们就强指谁为邪教徒，拷打下狱，百般折磨。成百上千的无辜百姓惨遭迫害，痛不欲生。于是，“官逼民反”的一幕终于上演了。
1796年二月，湖北荆州的白莲教徒首先举行起义。他们高呼“官逼民反”的口号，攻打周围地区。由于人们早就受够了官府的欺压，所以各地纷纷响应。
同年十一月，四川白莲教起义军在徐天德的率领下进入陕南，先后攻打安康、平利、紫阳等地。在他们的影响下，陕南一带的白莲教徒也乘机而起，纷纷举事。大起义的烈火很快烧遍秦巴山区，并使这里逐渐成为白莲教起义军活动的中心地区。
从1796年冬到1798年夏，白莲教起义军在陕南的活动达到高潮，四川、湖北各支主要的起义军都到过陕南，在这里取得了一系列的胜利。1797年春，湖北襄阳起义军在王聪儿、王廷诏、李全的分别率领下，分三路从河南进入陕西。五月，他们会师于镇安县。随后，他们在表带铺、王家坪接连打败清军，击毙清护军统领阿尔萨瑚。清军在吃了败仗后，气急败坏，调集大军四面包围义军，准备消灭。谁知，义军随即于六月间渡过汉江，转移到四川。接着，又从四川转向湖北。之后，再一次进入陕西，于十月间又会师于兴安府境内。襄阳义军在四个月的时间里，行军千里，转了一个大圈，终于摆脱了清军的围剿。接着，他们连续进攻平利、镇坪、安康、紫阳、石泉、洵阳（今陕西旬阳），在汉中以西连营20里，声势浩大。他们“不整队，不迎战，不走平原，唯数百为群，忽分忽合，忽南忽北”，使清军疲于应付。1798年春，义军利用巧妙的战术甩掉敌人，抢渡汉江，然后翻越秦岭，突然出现在关中西部，清王朝大为震动。义军接连攻打宝鸡、岐山、郿县、周至等地，李全率领的义军甚至进至西安城郊，吓得陕西巡抚秦承恩“闭城独守，日夕哭泣，目皆肿”。由于义军兵力分散，影响了其战斗力。他们在焦家镇、屹子村被清军打败，只好退出关中，分散进入商洛一带的秦岭山区。清军在后面紧追不放。不久，王聪儿、姚之富率一支义军由山阳退至湖北郧西县的卸花坡，被清军围攻，最后全军覆没。而李全、高均德等部则从商洛山区向西南方向突围，经宁羌最后退入四川。湖北各支白莲教义军相继离陕后，陕南地区的义军活动逐渐陷入低潮。
从1798年秋到1800年春，义军主要活动于四川境内，但仍不时有义军进入陕南地区。四川白莲教义军首领樊人杰曾率部转战于兴安一带。而湖北义军张汉潮部则活动于从徽县、凤县到蓝田、商州的广大秦岭山区，他与出没于栈道以西的张士龙和活动于平利一带山区的张士伦号称“陕西三张”，威震一时。1799年，额勒登保出任川、楚、陕、豫、甘五省经略大臣，调集大军疯狂围攻陕南地区的义军。不久，张汉潮战死，高均德也在西乡县境内抢渡汉水时兵败被俘，英勇牺牲。其余各部在陕西无法立足，又被迫撤入四川境内。
1800年夏，四川义军在清军的残酷镇压下也渐趋低潮。于是，义军余部纷纷再次进入陕南的秦巴老林，准备坚持最后的斗争。面对出没于深山老林的义军，清军吸取了以往的教训，不再冒险进入林区追剿，而是采取遍立寨堡、坚壁清野的战术，企图困死义军。同时，鉴于八旗、绿营兵都不堪为用，清朝便更多地依靠地主团练来对付起义军。早在嘉庆四年（1799年），清廷即要求统兵大臣“严饬所属，山地则扼险结寨，平地则掘壕筑堡。其团练防守，有效者保奏，违者罪之”。在敌人新的镇压手段下，起义军面临的形势越来越恶化。同年七月，襄阳义军首领杨开甲在镇安县茅坪阵亡。而高天升、马学礼等部则由甘肃进入陕南，连破清军，杀死清总兵札勒抗阿、提督王文雄等将领29名，给敌人以沉重打击。但局势已无法扭转。1801年二至九月，义军首领高天升、王廷诏、徐天德、龙绍周先后或死或被俘。到1802年八月，陕西境内最后一支义军在宁陕花石岩被敌人包围，首领苟文明跳崖而死，刘朝选被俘。此后，白莲教起义军在陕西的活动基本上结束了，但小股的义军则还坚持了两年。
经过近6年的战乱，本已萧条的陕南经济进一步衰败了。
